SMAIT Insan Cendekia Jayapura merupakan lembaga pendidikan swasta yang bernaung di bawah Yayasan Insan Cendikia Jayapura. Sekolah ini merupakan Sekolah Islam Terpadu berbasis Boarding School pertama di Papua, sehingga banyak diantara siswanya berasal dari berbagai daerah seperti Wamena, Biak, Nabire, Keerom dan tentunya dari Jayapura.
Sekolah ini berstandar Islam Terpadu Nasional (JSIT) yang berbasis Pondok pesantren Modern, dimana Ponpes Ulil Albab merupakan lembaga Pondoknya yang diasuh langsung oleh K.H Ayub Fachrudin,Lc.,M.Pd.I. Beliau adalah lulusan LIPIA (Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab) Jakarta yang dikenal dengan kemampuan penguasaab bahasa Arab dan ilmu syar’inya. Pada langkah awal operasionalnya dipimpin oleh Ahmad Risal,S.Pd.,M.Pd selaku kepala sekolah, dimana dalam menjalankan layanan pendidikannya, SMA IT Insan Cendekia Jayapura mengedepankan nilai-nilai Ke-Islaman yang kuat dan berkarakter guna menghadapi perkembangan masa depan melalui penerapan pembelajaran modern, gerakan Literasi, penguatan karakter dan implementasi 11 standar kekhasan Sekolah Islam Terpadu yang tertuang melalui pelaksanaan kurikulum 3 in 1, yakni Kurikulum Pendidikan Nasional, Kurikulum Pondok Pesantren, kurikulum JSIT Indonesia (Jaringan Sekolah Islam Terpadu).
Dengan sistem pondok pesantren inilah, SMA IT Insan Cendekia Jayapura diharapkan mampu melahirkan generasi Robbani yang Cerdas, Mandiri dan Berakhlak Mulia yang siap menghadapi tantangan zaman, dimana penanaman nilai-nilai ukhrowi dalam mata pelajaran apapun adalah sebuah keharusan, diperkuat lagi dengan adanya program Tahfidz Al-Qur’an, Hafalan Hadis Arba’in An-Nawawiyah, dan Bina Pribadi Islami ( BPI ). Hal ini menjadi ke khasan tersendiri SMA IT Insan Cendekia Jayapura dibandingkan dengan sekolah lain yang ada di Papua.
Meski masih berusia muda, SMAIT Insan Cendekia Jayapura melejit cukup cepat dan terus menunjukkan eksistensinya. Hal ini dibuktikan dengan berbagai prestasi yang pernah diraih para siswa dan siswi SMAIT Insan Cendekia Jayapura dalam berbagai bidang lomba
Dengan terus melakukan pembenahan dalam meningkatkan mutu sekolah, tidak menutup kemungkinan sekolah ini akan mampu bersaing dan menjadi favorit bagi pelajar Zaman Now, dan menjadi alternatif terbaik bagi orang tua dalam memilih dan menitipkan putra putrinya untuk melanjutkan pendidikan di tingkat menengah atas.